Центар за микробиологију се састоји из две организационе целине, одељење за санитарну микробиологију и одељење за клиничку микробиологију као и одсека за припрему хранљивих подлога. Послови одељења за санитарну микробиологију обухватају испитивање узорака животних намирница, вода и предмета опште употребе који потичу од широког спектра корисника наших услуга у циљу пермантентне контоле производње и промета као и утрврђивање микробиолошких узрочника и резервоара епидемија као и путева њиховог преношења из узорака нехуманог порекла. Лабораторије санитарне микробилогије су документовале и доследно примениле захтеве станарда контроле квалитета ISO 9001/2001 истовремено са осталим целинама нашег Завода.
Сходно очекивањима тржишта и нашим жељама да услуга коју пружамо има мерљив и константан квалитет примењени су захтеви стандарда ISO 17025/2006. Делокруг рада одељења за клиничку микробиологију је лабораторијско испитивање узорака хуманог порекла из области медицинске бактериологије, паразитологије, микологије, дијагностике туберкулозе као и серолошке дијагностике вирусних, бактеријских и паразитарних узрочника болести у чему нам помаже најсавременија опрема и добро обучено особље Сви захтеви стандарда квалитета ISO 9001/2001 су имплементирани и доследно се спроводе и на клиничкој микробилогији која је у последњих две године увела и примењује амерички стандард за испитивање антимикробне осетљивости CLSI, чиме су поступци утврђивања најефикасније антибиотске терапије значајно добили на квалитету на задовољство лекара из клинчке праксе као и нас који свакодневно обављамо поменуте поступке. Све компоненте унутрашње контоле квалитета су инператив и доследно се спроводе у свим лабораторијама Центра. Највећи део услуга клиничка микробиологија обавља на захтев РЗЗО за потребе примарне здравствене заштите, специјалисичких амбуланти као и домова здравља под надлештвом локалне филијале здравственог осигурања. За потребе ЗЦ Студеница обављамо широки спектар услуга микробиолошке дијагностике а такође учествујемо и у комисији са контолу, превенцију и надзор над болничким инфекцијама.