Centar za mikrobiologiju se sastoji iz dve organizacione celine, odeljenje za sanitarnu mikrobiologiju i odeljenje za kliničku mikrobiologiju kao i odseka za pripremu hranljivih podloga. Poslovi odeljenja za sanitarnu mikrobiologiju obuhvataju ispitivanje uzoraka životnih namirnica, voda i predmeta opšte upotrebe koji potiču od širokog spektra korisnika naših usluga u cilju permantentne kontole proizvodnje i prometa kao i utrvrđivanje mikrobioloških uzročnika i rezervoara epidemija kao i puteva njihovog prenošenja iz uzoraka nehumanog porekla. Laboratorije sanitarne mikrobilogije su dokumentovale i dosledno primenile zahteve stanarda kontrole kvaliteta ISO 9001/2001 istovremeno sa ostalim celinama našeg Zavoda.
Shodno očekivanjima tržišta i našim željama da usluga koju pružamo ima merljiv i konstantan kvalitet primenjeni su zahtevi standarda ISO 17025/2006. Delokrug rada odeljenja za kliničku mikrobiologiju je laboratorijsko ispitivanje uzoraka humanog porekla iz oblasti medicinske bakteriologije, parazitologije, mikologije, dijagnostike tuberkuloze kao i serološke dijagnostike virusnih, bakterijskih i parazitarnih uzročnika bolesti u čemu nam pomaže najsavremenija oprema i dobro obučeno osoblje Svi zahtevi standarda kvaliteta ISO 9001/2001 su implementirani i dosledno se sprovode i na kliničkoj mikrobilogiji koja je u poslednjih dve godine uvela i primenjuje američki standard za ispitivanje antimikrobne osetljivosti CLSI, čime su postupci utvrđivanja najefikasnije antibiotske terapije značajno dobili na kvalitetu na zadovoljstvo lekara iz klinčke prakse kao i nas koji svakodnevno obavljamo pomenute postupke. Sve komponente unutrašnje kontole kvaliteta su inperativ i dosledno se sprovode u svim laboratorijama Centra. Najveći deo usluga klinička mikrobiologija obavlja na zahtev RZZO za potrebe primarne zdravstvene zaštite, specijalisičkih ambulanti kao i domova zdravlja pod nadleštvom lokalne filijale zdravstvenog osiguranja. Za potrebe ZC Studenica obavljamo široki spektar usluga mikrobiološke dijagnostike a takođe učestvujemo i u komisiji sa kontolu, prevenciju i nadzor nad bolničkim infekcijama.